I documenti tramandati attestano l'esistenza di un cenobio nei pressi della basilica di Santa Giustina a Padova già nell'VIII secolo. Distrutto all'inizio del X secolo e riportato a nuova vita nel 971, rifiorì all'inizio del XV secolo con la fondazione della Congregazione di Santa Giustina. Estinto nuovamente nel 1810, fu riportato a nuova vita nel 1919 da Benedetto XV e affidato ai monaci di Praglia. Nel 1943 i monaci padovani elessero il primo abate dopo la soppressione.