Im Jahr 1155 wurde die Abtei von Heinrich II. von Babenberg den schottischen Mönchen anvertraut. Im Jahr 1418 wurden auf Befehl des Herzogs Mönche aus dem Kloster Mellich aufgenommen, woraufhin die Schotten nach Regensburg zurückkehrten, von wo sie einst berufen worden waren. In dieser Zeit bestand das Kloster ohne Aufhebung weiter.